3790の定量的ポリメラーゼ連鎖反応－陽性検体と陽性細胞培養の間の相関関係

3790の定量的ポリメラーゼ連鎖反応－陽性検体と陽性細胞培養の間の相関関係(1941の重症急性呼吸器症候群 コロナウイルス2の分離株を含む)

臨床感染症(Clinical Infectious Diseases)、第72巻、第11号、2021年6月1日、ページe921、https://doi.org/10.1093/cid/ciaa1491

公開日：2020年9月28日

訂正が公開されました：

https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciab531/6377803

編集者へ－重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2 (SARS-CoV-2)によるコロナウイルス病2019 (COVID-19)のパンデミックの発生は、2020年3月12日に世界保健機関によってパンデミックと宣言されました [1]。発生に関連する主要な問題は、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(reverse-transcription polymerase chain reaction、RT-PCR)後に得られ、サイクルしきい値(cycle threshold、Ct)として表されるウイルスRNA負荷を伝染性(contagiousness)と相関させることで、したがって、接触からの排除の機関と専門の感染症病棟からの退院の期間と相関させてきました。 100以上の研究に基づいた最近のいくつかの出版物は、カットオフCt値と排泄期間を提案しようと試みており、コンセンサスはそれぞれ約 Ct > 30と少なくとも10日です [2–5]。しかしながら、臨床感染症(Clinical Infectious Diseases)誌に掲載された記事で、ブラード(Bullard)らは、この値を超える培養ではウイルスが検出されないため、患者が Ct > 25で伝染する可能性はないと報告しました [6]。その後、この制限は、フランス科学評議会Covid-19(French Scientific Council Covid-19)のメンバーとのインタビュー中に、患者がもはや伝染しない可能性のある値としてフランスのメディアで喚起されました [7]。

発生の初めに、E遺伝子(E gene)の増幅と培養の結果に基づいてPCR技術を使用して得られたCt値を相関させました [8]。パンデミックが始まって以来、179,151人の患者に対して250,566のSARS-CoV-2 RT-PCRを実施し、そのうち13,161 (7.3％) が陽性でした。 5月末までに、鼻咽頭サンプルで陽性と報告されたこれらのサンプルのうち3,790が接種され、前述のように培養のために管理されました [8]。これらの3,790の接種サンプルのうち、1,941のSARS-CoV-2分離株は、最初の接種後かまたは最大2つのブラインド継代培養で取得できました。スキャナー値と文化の積極性との相関関係は、次の観察することを可能にします。予備作業(1,941対129)の10倍の分離株で得られた画像は、大幅に変化しません(図1)。 Ct = 25では、患者の最大70％が培養で陽性のままであり、Ct = 30ではこの値が20％に低下することが観察できます。 PCRの陽性結果を報告するために使用した値である Ct = 35では、培養物の3％未満が陽性です。私たちのCt値35は、最初は私たちの研究室のコントロール・ネガティブ・サンプルでRT-PCRによって得られた結果と、培養の最初の結果に基づいています [8]、これは、ここに提示された結果によって検証され、韓国 [9]および台湾 [10]で提案されたものと相関しています。私たちはこれを観察することができました、継代培養、特に最初の継代培養では、Ct値のあるサンプルでウイルス分離の割合を増やすことができ、これらの高いCt値が、ほとんどの場合低いウイルス量と相関していることが確認されます。私たちのコホートから、PCRが10日を超えて陽性なとき、多くの場合 Ct > 30のまれなケース[症例]では、ケース・バイ・ケースで患者の生ウイルス排出の期間と頻度を理解し、定義することを試みる必要があります。いずれにせよ、これらのまれなケース[症例]は公衆衛生上の決定に影響を与えるべきではありません。

図1 (Fig.1)

Ct値(横軸)に応じた、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2のポリメラーゼ連鎖反応の陽性ウイルス培養の割合－コロナウイルス病2019患者からの陽性鼻咽頭検体。破線の曲線は、多項式回帰曲線を示しています。　略語：Ctはサイクルしきい値、Polyは多項式。

記録

倫理的承認。プロトコルは、大学病院研究所地中海感染倫理委員会(University Hospital Institute Méditerranée Infection Ethical Committee)により承認されました。総ての患者が、ヘルシンキ宣言(Declaration of Helsinki)に従ってインフォームドコンセントを提供しました。

財政支援。この研究は、以下により管理されるInvestissements d’avenir(将来への投資)プログラム下のフランス政府により資金提供されました。フランス国立研究機構(フランス国立研究機構; 参照：地中海感染症(Méditerranée Infection) 10-IAHU-03)と、プロヴァンス・アルプコートダジュール地方(Région Provence-Alpes-Côte d’ Azur)です。それと、ヨーロッパの資金提供の欧州開発研究基金(Fond Europen de Recheche et de development) (FEDER) PRIMIです。

潜在的な利益相反。 D. R.は、提出された研究以外の日立ハイテク株式会社(Hitachi High-Tech Corporation)からの助成金を報告しています。他のすべての著者達は、潜在的な競合はないと報告しています。すべての著者は、潜在的な利益相反の開示(Disclosure of Potential Conflicts of Interest)のために、ICMJE(International Committee of Medical Journal Editors)フォームを提出しました。編集者が原稿の内容に関連すると考える矛盾が、開示されました。

----- 出典 -----

academic.oup.comdoi.org

----- 2020/09/28公開の記事を読んで -----

海外からの観光客の受け入れ人数を6月10日から増やす予定で、パンデミックも終わりの雰囲気ですねぇ...

おさらいのようなオックスフォード大学の記事でしたので、アーカイブしておきます。

まず、旧来から行われて来た「培養」について踏まえましょう。